Le kyste débute par une infection diffuse appelée granulome (quand il fait moins de 5 mm) qui évolue en formant une poche de tissus infectés. Généralement le kyste peut grossir sans douleur et sans signes extérieurs durant plusieurs années. Mais la poche infectée génère généralement du pus qui s’évacue par un petit bouton (une fistule) en provoquant un léger gonflement de la gencive.
Le granulome et le kyste peuvent avoir comme origine un choc ou une carie mal ou pas soignée. Il peut s’agir également d’un problème clinique rencontré lors du traitement de racine (dévitalisation).